http://www.hatena.ne.jp/1099026250
これは株価の水準に意味があると考えるか、絶対水準には意味がないと考えるかの違いだと思う。で、証券投資論的には個々の株価の絶対水準自体に意味はないと考えてリターンを使うのが普通。質問者は統計処理のテクニカルな問題としているけれど、投資理論上の問題ではなかろうか。
相関計算の手順を解説してるだけの最後の回答で質問者が納得してるのもよくわからないけれど、日々のリターンといいながら株価データの相関を計算してるようにしか読めないのも不思議。
ちなみに前日比というとき、ティッカーなんかはたいがい差を表示しているけれど、リターンなら（当日終値）／（前日終値）−１で計算する。
